等电聚焦电泳色谱仪是利用蛋白质具有两性解离和等电点的特征，加入有pH梯度的凝胶介质中，在电场中经过一定时间后，各组分将分别聚焦在各自等电点相应的pH位置上，形成分离的蛋白质区带。等电聚焦电泳具有灵敏度高、分辨率高和重复性好等特点，特别适合大批量纯度检测和真实性鉴定以及遗传多样性等群体生物学领域的研究。

在没有电场时，载体两性电解质溶液的pH值约是该溶液pH范围的平均值（如pH = 3～10的载体两性电解质溶液，其pH≈6.5），载体两性电解质分子都带有电荷，只是在溶液中的正电荷和负电荷数目相等，净电荷为零。

引入电场时，载体两性电解质分子分别向阴极和阳极移动，较终在分子净电荷为零的位置停止迁移。靠近阳极端的载体两性电解质，电负性较强，具有较强的缓冲氢离子的能力，使环境的pH等于载体两性电解质的pI，一直向阴极顺延。靠近阴极端的载体两性电解质，电正性较强，具有较强的缓冲氢氧根离子的能力，使环境的pH等于载体两性电解质的pI，一直向阳极顺延。