高效毛细管电泳色谱仪（CE）是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用荷电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离，是分析科学继高效液相色谱仪之后的又一重大进展，使分析科学从微升级进入到了纳升级水平，不仅使单细胞乃至单分子分析成为可能，也使蛋白质和核酸等生物大分子分析有了新的转机。
CE分离模式有毛细管电色谱、毛细管区带电泳、毛细管胶束电动色谱、毛细管凝胶电泳、毛细管等电聚焦电泳和毛细管等速电泳等。
一、毛细管电色谱：
1、固定相：色谱固定相。
2、原理：在毛细管中填充固定相颗粒、管壁键合固定相或制成连续床固定相，以电渗流或电渗流与压力共同驱动流动相，利用样品各组分在固定相和流动相中分配系数差异和本身淌度差异进行分离。
3、特点：分离效率比高效液相色谱高，选择性比毛细管区带电泳高，分析速度快，分析结果重复性好。
4、应用：是有发展前景的分离方法，填充毛细管电色谱在蛋白质分析中有重要潜力。
二、毛细管区带电泳：
1、原理：根据样品各组分质荷比的不同进行分离。
2、特点：是CE中较基本、应用较广泛的一种分离模式。
3、应用：适用于分离蛋白质、多肽和带电荷的大小分子。
三、毛细管胶束电动色谱：
1、原理：在电泳缓冲溶液中加入表面活性剂，当溶液中表面活性剂浓度超过临界胶束浓度时，表面活性剂分子之间的疏水基团聚集在一起形成胶束，成为分离体系的准固定相，根据样品各组分在水相和胶束相中的分配系数差异进行分离。
2、特点：可在分离离子型化合物的同时进行中性物质的分离。
3、应用：在各个领域显示出广泛的应用前景。
四、毛细管凝胶电泳：
1、载体：聚丙烯酰胺凝胶和琼脂糖凝胶，前者应用较多。
2、原理：分子筛效应。
3、特点：峰形尖锐，是CE中柱效较高的一种分离模式。
4、应用：用于测定核酸片断和蛋白质相对分子量，是研究DAN排序的重要手段。
五、毛细管等电聚焦电泳：
1、原理：利用蛋白质分子或其它两性分子等电点的不同，在一个稳定、连续、线性的pH梯度中进行分离。
2、特点：分辨率高，区带清晰且窄。
3、应用：可分离等电点差异小于 0.01pH单位的两种蛋白质，特别适合分离相对分子量相近而等电点不同的蛋白质组分。
六、毛细管等速电泳：
1、原理：用淌度比样品中任何组分的淌度都高的电解质作为先导电解质，用淌度比样品中任何组分的淌度都低的电解质作为尾随电解质，样品组分夹在先导电解质和尾随电解质之间，根据各自有效淌度的不同进行分离。
2、特点：区带界面明显，具有富集和浓缩作用。
3、应用：目前应用不多。
