聚丙烯酰胺凝胶电泳色谱仪根据有无浓缩效应可分为连续凝胶电泳色谱仪和不连续凝胶电泳色谱仪。

一、连续凝胶电泳色谱仪：

采用相同孔径的凝胶和相同的缓冲液（样品缓冲液、凝胶缓冲液和电极缓冲液），在pH恒定和离子强度相同的条件下进行电泳。

1、分离效应：

主要靠电荷效应和分子筛效应实现分离。

2、特点：

（1）优点：

1）制胶简单，快捷。

2）缓冲液pH恒定，可防止样品进胶后因pH改变而发生的凝聚和沉淀。

3）缓冲液组成简单，来源广泛。

（2）缺点：

分辨率不高。

二、不连续凝胶电泳色谱仪：

采用不同孔径的凝胶和不同的缓冲液，在电泳过程中，由于浓缩胶的堆积作用，使样品在浓缩胶和分离胶界面上先浓缩成一条窄带，然后在一定浓度或浓度梯度的分离胶上进行分离。

1、系统的不连续性表现：

（1）凝胶系统的不连续性：

1）上层为大孔径的浓缩胶。

2）下层为小孔径的分离胶。

（2）缓冲液离子组成和各层缩胶pH的不连续性：

1）电极缓冲液为pH = 8.3的Tris－甘氨酸缓冲液。

2）浓缩胶缓冲液为pH = 6.8的Tris－HCl缓冲液。

3）分离胶缓冲液为pH = 8.9的Tris－HCl缓冲液。

（3）电位梯度的不连续性：

在电场中形成不连续的电位梯度。

2、分离效应：

在不连续凝胶电泳中存在三种物理效应，即样品的浓缩效应、凝胶的分子筛效应和电荷效应。这三种效应同时存在，对蛋白质样品起协同作用，使样品各组分根据带电量、分子质量和形状按一定的顺序分离。

（1）浓缩效应：

使样品在浓缩胶中浓缩成一条窄带，然后进入分离胶进行分离。

（2）分子筛效应：

大小和形状不同的样品通过一定孔径的分离胶时，受阻滞的程度不同而迁移率不同。

（3）电荷效应：

在分离胶中，蛋白质表面净电荷不同，迁移率不同。

3、特点：

（1）分辨率高。

（2）适用于复杂和特殊样品的分离。