高效毛细管区带电泳色谱仪的整个系统用同一种缓冲液充满，带电粒子的迁移速度是电泳速度和电渗流速度的矢量和，缓冲液的选择直接影响粒子的迁移和分离。常用缓冲液及其pKa值如下：

1、磷酸：pKa = 2.12

2、柠檬酸：pKa = 3.06

3、甲酸盐：pKa = 3.75

4、2－羟基异丁酸：pKa = 3.97

5、琥珀酸盐：pKa = 4.19

6、谷氨酸：pKa = 4.32

7、乙酸盐：pKa = 4.75

8、2－（N－吗啉）乙磺酸：pKa = 6.15

9、N－（2－乙酰氨基）－2－亚氨基双乙酸：pKa = 6.6

10、L，3－双[三（羟甲基）甲氨基]丙烷：pKa = 6.8

11、2－[（2－氨基－2－氧代乙基）氨基]乙磺酸：pKa = 6.9

12、3－（N－吗咪）－2－羟基丙磺酸：pKa = 6.9

13、咪唑：pKa = 7

14、3－（N－吗啉）－丙磺酸：pKa = 7.2

15、N－三（羟甲基）甲基－2－氨基乙磺酸：pKa = 7.5

16、N－[（2－羟甲基）乙基]甘氨酸：pKa = 8.15

17、甘氨酰胺、盐酸化物：pKa = 8.2

18、N－甘氨酰甘氨酸：pKa = 8.25

19、三（羟甲基）氯基甲烷：pKa = 8.3

20、N，N′－双（2－羟乙基）甘氨酸：pKa = 8.35

21、吗啉：pKa = 8.49

22、硼酸盐：pKa = 9.24

23、2－（N－环己氨基）乙磺酸：pKa = 9.5

24、3[（3－胆酰胺丙基）－二甲基铵]－2－羟基－1－丙磺酸内盐：pKa = 9.6

25、3－（环己氨基）－1－丙磺酸：pKa = 10.4