高效毛细管电泳色谱仪（CE）是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用带电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离，是分析科学继高效液相色谱仪之后的又一重大进展，使分析科学从微升级进入到了纳升级水平，不仅使单细胞乃至单分子分析成为可能，也使蛋白质和核酸等生物大分子分析有了新的转机。CE的毛细管极细，分离效能很高，但同时对样品组分的检测带来了困难，对检测技术的要求较高。如何增加检测器的灵敏度，又不造成明显的区带展宽，一直是CE技术发展中的一个至关重要的问题。迄今为止，已有许多检测技术与CE联用，在不同领域中发挥作用。
一、紫外可见光吸收检测：
紫外可见光吸收是CE中应用较广泛的一种检测方法。石英毛细管可透过20nm波长以下的紫外光，允许从紫外光到可见光的波长范围内对样品组分进行检测。而且由于透光窗口直接开在毛细管上（柱上检测），检测器本身不存在死体积和因此而造成的组分区带展宽现象。事实上样品组分的分离在检测窗口处仍在进行。为了获得高效，检测区的宽度应小于样品组分的区带宽度，也就是说透光窗口应足够小。毛细管电泳峰宽一般为2～5mm，透光窗口的尺寸应控制在上述峰宽的1/3以内。紫外可见光吸收检测的主要缺点是灵敏度不高，这主要是光程太短所致。
二、荧光检测：
荧光检测也是CE中一种常见的柱上检测方法，因组分区带小，不会引起额外展宽，而且检测灵敏度很高。尤其是激光诱导荧光检测（LIF），其灵敏度可高达10ˉ12～10ˉ16mol/L，是目前CE中较灵敏的一种检测方法。荧光检测器的缺点是仅能用于有天然荧光和易于用荧光试剂标记或染色的物质的检测，价格较高。但由于LIF的高灵敏度和高选择性，仍是CE中不可缺少的检测方法。
三、电化学检测：
电化学检测可避免光学类检测器遇到的光程太短的问题，对电活性组分的检测具有灵敏度高、线性范围宽、选择性好和价格低等特点。安培检测是三种电化学检测模式（电导检测、电位检测和安培检测）中较易实现、应用较广的一种检测技术，为微体积环境中电活性物质的测定提供了高灵敏度的检测方法。但安培检测要求被检测物质必须具有良好的电化学活性，因而检测范围有一定的局限性。
四、质谱检测：
质谱检测（MS）具有较强的定性功能，在一次分析中可获得很多结构信息，将CE与MS相结合是分离科学中的一项突破性进展。
1、CE－MS联用的关键是接口。
2、CE－MS联用有着很强的生命力，但尚存在以下缺点：
（1）浓度灵敏度低，不如LC－MS。
（2）不是所有的CE分离模式都可方便地与MS联用。
（3）MS对CE分离缓冲液的限制较多。
3、CE－MS联用有以下难点需进一步改善：
（1）如何将被分析物的分子或离子经由CE分离后的液态较终传至高真空的MS中。
（2）接口处的体积范围怎样才能与CE的峰体积兼容。
（3）分离电解质的成分怎样才能与质谱的需求兼容。
（4）在联机模式下如何将CE流出物以在线方式有效地传到MS中而不丢失分离效率。
