高效气相色谱仪分析中选择程序升温条件的基础是柱效和分离度，其中影响分离度的主要因素是升温速度和载气流速。
一、升温方式：
如沸点范围宽的同系物多采用单阶线性升温，样品中含多种不同类型的化合物可使用多阶程序升温。
二、初始温度：
初始温度通常选择样品中较易挥发组分的沸点附近的温度。初始温度若选的太低会延长分析时间，若选的太高会降低低沸点组分的分离度。此外，还应根据样品中低沸点组分的含量来确定初始温度的保持时间，以保证它们完整分离。
三、终止温度：
终止温度由样品中高沸点组分的保留温度和固定液的较高使用温度决定。如果固定液的较高使用温度大于样品中组分的较高沸点，可选稍高于组分较高沸点的温度作为终止温度，此时终止温度仅保持较短时间就可结束分析。若相反，可选稍低于固定液的较高使用温度作为终止温度，并维持较长时间，使高沸点组分在此恒温条件下完整洗脱出来。
四、升温速度：
升温速度的选择要兼顾分离度和分析时间。升温速度较低，会增大分离度，但会使高沸物的分析时间延长，峰形展宽，柱效降低。升温速度较高，会缩短分析时间，但会使分离度下降。升温速度太高会影响柱寿命，特别是极性柱非常容易形成液滴。对于低极性柱和键合相柱，可以采用较高的升温速度。
一般来说，对于内径0.25mm、长25～50m的毛细管柱，升温速度以0.5～5℃/min为宜。
五、载气流速：
升温速度和载气流速共同影响分离度，决定分析速度，两者之间的相互作用复杂。
对于弱保留样品，当升温速度一定时，载气流速增加会成比例地减少保留温度和分析时间，所以提高分析速度较有效的方法是增加载气流速。
对于强保留样品，分析速度取决于升温速度和载气流速的比值。
