高效毛细管电泳色谱仪简称毛细管电泳仪（CE），是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用带电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离，是分析科学继高效液相色谱仪之后的又一重大进展，使分析科学从微升级进入到了纳升级水平，不仅使单细胞乃至单分子分析成为可能，也使蛋白质和核酸等生物大分子分析有了新的转机。
CE分离模式有毛细管区带电泳、毛细管胶束电泳色谱、毛细管凝胶电泳、毛细管等电聚焦电泳、毛细管等速电泳和毛细管阵列电泳等。
一、毛细管区带电泳（CZE）：
CZE又称毛细管自由电泳，由于操作简单、多样化，是目前CE中较基本、应用较广泛的一种分离模式。
在CZE中，毛细管内只充入缓冲溶液，在直流高压驱动下．溶质以不同的速度在分立的区带内进行迁移而被分离，由于电渗流的存在，正负离子都可用CZE分离，而中性分子本身在电场中不移动，随电渗流一起流出毛细管。
CZE的应用范围很宽，可分离氨基酸、多肽、离子和对映体等。
二、毛细管胶束电泳色谱（MECC）：
在MECC中，把一些离子型表面活性剂（如十二烷基硫酸钠）加到缓冲液中，当其浓度超过临界胶束浓度后，形成有一疏水内核、外部带负电的胶柬。溶质在水相和胶束相（准固定相）之间产生分配，中性粒子因其本身疏水性不同，在两相中分配存在差异而得以分离。MECC使CE能用于中性物质的分离，拓宽了CE的应用范围，是对CE的极大贡献。
三、毛细管凝胶电泳（CGE）：
CGE是将平板上的凝胶移到毛细管中作支持物而进行的电泳，凝胶具有多孔性，起类似分子筛的作用，溶质按分子大小进行分离。凝胶能减小溶质的扩散，峰型尖锐，能达到CE中的较高柱效。常用聚丙烯酰胺在毛细管内交联制成凝胶柱，可分离测定蛋白质和DNA等，但柱制备比较困难，使用寿命短。
四、毛细管等电聚焦电泳（CIEF）：
CIEF是将传统聚焦电泳转移到毛细管中进行，通过管壁涂层使电渗流减小到较小，以防止蛋白质吸附和破坏稳定的聚焦区带。在高压作用下，毛细管内部建立pH梯度，蛋白质在毛细管中向各自的等电点聚焦，形成明显的区带。
五、毛细管等速电泳（CITP）：
CITP是一种较早的分离模式，采用先导电解质和后继电解质，使溶质按其电泳淌度不同得以分离，常用于分离离子型物质。但要采用不连续缓冲液，分辨率差，目前应用不多。
六、毛细管阵列电泳（CAE）：
为了满足大批量样品的分离要求，特别是在人类基因组和蛋白组计划中的应用，CAE渐渐呈现出了广阔的应用发展前景和趋势。与传统聚丙烯酰胺凝胶板电泳可进行多道平行分析相似，CAE是采用多根毛细管组成的阵列进行多道分析。
