高效液相色谱仪色谱柱的主要性能指标有柱型、柱选择性和柱效等。
一、柱型：
目前，高效液相色谱常用标准柱型的柱内径为3.9mm和4.6mm，柱长为20～25cm，柱流动相的体积流速为1mL/min左右，填料颗粒度5～10um，柱效为7000～10000理论塔板数/m。
色谱柱发展的趋势，一方面是减少颗粒度（3～5um），提高柱效，缩短柱长，提高分析速度；另一方面是减小柱内径，节省溶剂用量，提高检测浓度，特别是用于复杂组分的分析。
二、柱选择性：
柱选择性主要指柱固定相对分离的控制。
固定相对不同类型的化合物有一定的选择性，一般根据相似相溶的原则选择固定相。如果溶质溶于烃类溶剂，表明它是低极性化合物，可选择非极性或弱极性固定相。如果样品溶于极性溶剂如醇类，可选择极性固定相或非极性固定相。
在高效液相色谱中，由于每一种分离方法所用固定相的种类很少，分离主要靠溶剂的选择。C18柱能够用于多种化合物的分离，是较常用的固定相。
三、柱效：
要实现对溶质的分离，要求色谱柱具有很高的柱效。
影响柱效的因素很多，对柱效的评价比较困难。一般是测定色谱柱的理论板数n，n = 16（tr/Wb）2。同时还要考虑色谱柱的渗透性和峰的对称性。
