高效毛细管区带电泳色谱仪（CZE）的整个系统采用同一种缓冲液充满，以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用荷电粒子之间的淌度差异进行分离，是CE较基本、应用较广的分离模式。
CZE中，粒子的电荷性质不同，电泳方向不同；粒子的电荷数量不同，电泳速度不同；粒子的分子量不同，电泳速度不同。在毛细管中，由于电渗流的存在，所有粒子都随电渗流一起向负极迁移，电渗流速度约是一般离子电泳速度的5～7倍。各种电性粒子在毛细管中的迁移速度分别为：
1、阳离子：vap = veo+ vep，阳离子电泳方向与电渗流方向一致。
2、阴离子：vap = veo－vep，阴离子电泳方向与电渗流方向相反。
3、中性粒子：vap = veo，中性粒子运动方向与电渗流方向一致。
当样品从阳极端注入毛细管时，不同电性的粒子将按不同速度向负极迁移，从负极端先后流出毛细管，出峰顺序依次是阳离子、中性粒子和阴离子。中性粒子无电泳现象，随电渗流同行，在阳离子后流出，但不同结构的中性粒子无法相互分离（电泳图上是一个峰）。
电渗流在CZE中起着极其重要的作用：
1、电渗流具有象HPLC中泵一样的作用，推动粒子前进，加上不同粒子电泳速度和方向的差异，完成阳离子、阴离子和中性粒子的分离。
2、改变电渗流速度的大小和方向，可改变分离效率和选择性。这是CZE优化分离的重要因素。
3、电渗流速度的微小变化会影响分离结果的重现性（迁移时间和峰面积）。
