高效毛细管凝胶电泳色谱仪（CGE）是20世纪80年代后期发展起来的毛细管电泳分离模式。它是将常规凝胶电泳仪对生物大分子的高效分离能力与毛细管电泳仪的快速、微量和定量分析相结合，是当今分离度极高的一种分离技术。
电泳柱是CGE的关键部件，有凝胶柱和无胶筛分柱。
一、凝胶柱：
1、原理：
将聚丙烯酰胺等在毛细管中交联生成网状多孔凝胶，以凝胶作为载体进行电泳。由于凝胶多孔，具有类似分子筛的作用，荷质比相等但大小不同的分子，在电场作用下发生迁移，其迁移速度受到凝胶网状结构的阻碍。大分子受到的阻力大，迁移速度慢，小分子受到的阻力小，迁移速度快，从而达到相互分离。
常用聚丙烯酰胺凝胶进行DNA片段分离和测序，用十二烷基硫酸钠－聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS－PAGE）测定蛋白质和肽的分子量。
2、特点：
（1）优点：
1）聚丙烯酰胺凝胶是CGE的理想载体。由于聚丙烯酰胺凝胶粘度大，抗对流性好，散热性好，能有效减小组分的扩散，因此能限制谱带展宽，所得峰形尖锐，分离度极高，是CE分离模式中柱效较高的（107TP/m）一种分离方法。
2）待测组分与聚丙烯酰胺凝胶可生成络合物，使分离度增加，防止组分在毛细管壁的吸附，并减小电渗流，有可能使组分在短柱上实现极好的分离。
3）样品用量少，可实现自动化，可用于大分子物质的微量制备和馏分收集。
4）可分离从几个到几百万个碱基对的DNA和蛋白质等大分子物质。
（2）缺点：
1）凝胶柱制备比较困难，使用寿命短。
2）进样端易堵，若有气泡则难以除去，影响分离。
二、无胶筛分柱：
1、原理：
将单体丙烯酰胺（Acr）溶液中的交联剂N，N′－甲叉双丙烯酰胺（Bis）的浓度降为零，得到低粘度线性非交联的亲水性聚合物溶液来代替高粘度交联聚丙烯酰胺，仍有按分子大小分离的作用。
2、特点：
（1）优点：
1）无胶筛分柱容易制备，功能可调节，使用方便，使用寿命长。
2）柱内不作交联反应，可避免形成气泡。
（2）缺点：
分离能力比凝胶柱差。
