气相色谱仪的分析对象是在柱温下具有一定挥发性和热稳定的物质,因此它只限于沸点<500℃、热稳定性好和相对分子量<400的化合物或挥发性的衍生物。而高效液相色谱仪由于以液体作为流动相,只要被分析物质在选用的流动相中有一定的溶解度,便可以分析,因此适用性广,不受样品挥发性和热稳定性的限制,特别适合分析沸点高、极性强和热稳定性差的物质。
气相色谱中的流动相是惰性的,对组分没有作用力,仅起运载作用。而高效液相色谱的流动相不仅起运载作用,而且流动相对组分有一定亲和力,可通过改变流动相种类类和组成提高分离的选择性,另外可作流动相的化合物多,选择余地大。
高效液相色谱的样品收集比较容易,只要将开口容器放在色谱柱末端,就可以很容易地将所分离的各组分收集。回收是定量的,可用来提纯和制备具有足够纯度的单一物质。
高效液相色谱的不足是目前检测器的灵敏度不及气相色谱。必须特别注意柱外效应对柱效率和色谱分离的影响。