色谱柱是高效液相色谱仪较主要的部件，柱效的好坏直接影响目标化合物的分析和检测。但在高效液相色谱分析中，容易发生柱堵塞引起系统压力过高、柱效低引起峰拖尾和变宽、柱污染和损坏导致鬼峰等问题，出现这些问题的内在原因有硅羟基的死吸附、重金属的存在、碳流失、缓冲液中盐的析出和色谱柱变干等。
一、硅羟基的死吸附：
由于色谱柱的基材硅胶粒子表面存在硅胶羟基，样品组分既在流动相与固定相之间进行分配，又在流动相与硅羟基之间进行分配，即存在双分配效应。样品组分被硅羟基吸附称为死吸附或非特异性吸附。当硅羟基对样品组分的吸附趋近于饱和时，柱效下降，会导致峰拖尾和变宽。
二、重金属的存在：
色谱柱的基材硅胶粒子无论纯度多高，无论怎样处理，都会有重金属以金属氧化物的形式残存在硅胶粒子表面。这些金属氧化物很容易与其它化合物形成螯合物，使其被氧化，产生不对称峰或拖尾峰。
三、碳流失：
固定相长期使用后，会有部分碳链被流动相洗脱下来，随流动相一起流出色谱柱，造成碳流失。
四、缓冲液中盐的析出：
色谱分析时，有时流动相中会含有缓冲盐溶液。分析结束后，如果没先用含一定配比的水相流动相冲洗，而直接用纯有机相冲洗，瞬间柱子的微环境中有机相高，水相低。这时，流动相中的缓冲盐溶液极易析出盐，将柱子堵塞，使柱压升高，柱效下降。
五、色谱柱变干：
如果色谱柱保存不当，使色谱柱中的保存液全部挥发掉，柱子内部变干，会损伤色谱柱，影响分离效果。
