色谱柱是高效反相色谱仪较主要的部件，被测样品能否被很好的分离和测定，色谱柱的性能起着决定性作用。因此，应注意色谱柱的维护与清洗，以延长色谱柱的使用寿命。
一、色谱柱清洗体积确定：
色谱柱清洗体积一般是柱体积的10～20倍。
根据柱内径和柱长计算出柱体积，清洗时间可计算出。
二、色谱柱清洗：
为了使被测样品和杂质不停留在色谱柱内，每次样品分析完成后，应及时清洗色谱柱。
反相色谱分析中先流出的物质是极性大的物质，每次样品分析完成后，应用100%的甲醇、异丙纯或四氢呋喃等极性稍弱的溶剂将吸附在柱内的极性小的物质洗脱下来。如果流动相是缓冲溶液，应先用蒸馏水冲洗色谱柱，以冲掉柱内的盐，然后用合适的溶剂冲洗。
三、特殊清洗：
强保留物质和大分子化合物在色谱柱中累积，对样品中的化合物会产生额外的保留行为，会引起峰形变宽和拖尾，使柱效下降，引起保留时间的变化，累积到一定程度时还会导致柱压升高。在每天的日常维护中应用纯甲醇或乙腈清洗色谱柱。
清洗方法：
1、未使用缓冲盐：每天分析完成后，用纯甲醇或纯乙腈反向冲洗色谱柱60min。
2、使用过缓冲盐：每天分析完成后，先除去缓冲盐，再用纯甲醇或乙腈反向冲洗色谱柱 60min。
四、色谱柱维护：
1、筛板阻塞解决方法：
（1）过滤流动相。
（2）过滤样品。
（3）使用预柱。
（4）使用保护柱。
2、柱头塌陷解决方法：
（1）避免使用pH＞8的流动相（针对大部分硅胶柱）。
（2）使用预柱。
（3）使用保护柱。
