高效毛细管电泳色谱仪是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用荷电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离，毛细管是分离的关键。毛细管技术指标包括材质、内径、外径、壁厚和长度等。
一、材质：
理想的毛细管必须是化学和电惰性，能透过紫外和可见光，有一定的韧性，富有弹性，易于弯曲，耐用而且便宜。
目前使用的材质有聚四氟乙烯、玻璃和石英等，其中石英较常用。熔融石英拉制的毛细管脆而易断，外涂聚酰亚胺后会变得很有弹性。
1、聚四氟乙烯：可透紫外光，电渗很弱。但毛细管内径不均匀，对样品有吸附，热传导差等。
2、玻璃：电渗较强，但杂质含量较高。
3、石英：有天然和人造两类，基本成分是二氧化硅。
二、内径：
石英毛细管内径通常为25～75μm，多采用50μm和75μm，毛细管电泳色谱有时用内径更大的毛细管。
1、小内径毛细管优点：
（1）电流小，焦耳热少，允许施加较高电压。
（2）散热面积大，能加快散热，减小径向扩散，保持电渗流型为扁平型，提高柱效。
2、小内径毛细管缺点：
（1）比表面积大，会增加溶质的吸附作用。
（2）进样、检测和清洗困难。
（3）检测下限比大内径毛细管高。
三、外径：
毛细管外径为350～400μm。
通常有两种规格，厚壁毛细管外径为375μm，薄壁毛细管外径为150μm。
四、壁厚：
毛细管壁厚包括石英本身壁厚和聚酰亚胺涂层厚度（热导率很低）两部分。
石英本身壁厚为150～375μm。
聚酰亚胺涂层厚度为12μm。
五、长度：
毛细管长度称为总长度。根据分离度要求可选用20～100cm长度。
毛细管入口端至检测器窗口的距离称为有效长度。有效长度为80～100cm。
电场强度恒定时，理论塔板数与柱长成正比。但柱长不能无限增加，因为要使电场强度恒定，柱两端须增加电压。
电压恒定时，柱长增加，可减少焦耳热。但会降低电场强度，增加分析时间。
