影响琼脂糖凝胶电泳色谱仪电泳迁移率的因素有DNA分子大小、DNA构象、凝胶浓度、琼脂糖种类、电泳缓冲液、嵌入染料的存在和使用电压等。
一、DNA分子大小：
DNA分子大小迁移速度与logN成反比（N为碱基对数目）。分子越大，摩擦力越大，同时大分子通过凝胶孔的效率低于较小的分子，所以大分子的迁移速度慢。
一般来说，分子带的电荷量越大，直径越小，形状越接近球形，迁移速度越快。
二、DNA构象：
等量的空间结构，紧密结构的迁移速度快，超螺旋环状DNA＞线状DNA＞单链开环DNA。
三、凝胶浓度：
凝胶浓度越大，分子孔径越小，DNA迁移速度越慢。反之，迁移速度越快。
凝胶浓度也与凝胶的分辨率有关。凝胶浓度越大，分辨率越高，但分离的DNA片段越小。
四、琼脂糖种类：
包括标准琼脂糖、低熔点琼脂糖和正在研制的介于二者之间的琼脂糖，其分辨率各有不同。
五、电泳缓冲液：
缓冲液pH值距离其等电点越远，其所带净电荷量越大，迁移速度越快，尤其是蛋白质等两性分子。
缓冲液pH值影响电泳方向。
缓冲液的离子强度过低，电导率降低，DNA不是全然不动就是迁移极慢。离子强度过高，电导率上升，会产生大量热能，使凝胶发生变化甚至熔化，也会使DNA变性。
六、嵌入染料的存在：
染色剂溴化乙锭插入双链DNA会造成其负电荷减少，刚度和长度增加，因此，线性DNA－染料复合物在凝胶中的迁移速度降低约15%。
七、使用电压：
低电压时，线状DNA片段的迁移速度与所加电压成正比。
凝胶上所加电压不应超过5～8V/cm。
