高效液相色谱仪流动相的预处理包括流动相过滤和脱气等。
一、流动相过滤：
所有溶剂使用前都必须经0.45μm或0.22μm滤膜过滤，以除去杂质微粒。色谱纯试剂也不例外，除非在标签上标明已过滤。
用滤膜过滤时，要注意分清有机相（脂溶性）滤膜和水相（水溶性）滤膜。
有机相滤膜一般用于过滤有机溶剂，过滤水溶液时流速低或过滤不动。
水相滤膜只能用于过滤水溶液，严禁用于有机溶剂。否则滤膜会被溶解，溶有滤膜的溶剂不得用于HPLC。
对于混合流动相，可在混合前分别过滤。如需混合后过滤，专业有机相滤膜。现已有混合型滤膜。
二、流动相脱气：
1、流动相脱气的原因：
HPLC所用流动相必须预先脱气，否则容易在系统内逸出气泡，影响泵工作、柱分离效率、检测器灵敏度和基线稳定性，甚至无法检测。
（1）流动相中的溶解氧可能与样品、流动相甚至固定相（如烷基胺）反应。
（2）溶解氧会引起溶剂pH变化，给分析结果带来误差。
（3）溶解氧能与某些溶剂（如甲醇和四氢呋喃）形成有紫外吸收的络合物，此络合物会提高背景吸收（特别是在260nm以下），导致检测灵敏度轻微降低，更重要的是在梯度洗脱时会造成基线漂移或形成鬼峰。除去溶解氧将大大提高UVD的性能。
（4）在荧光检测中，溶解氧在一定条件下会引起淬灭现象，特别是对芳香烃、脂肪醛和酮等。在某些情况下，荧光响应可降低达95%。除去溶解氧将改善在一些荧光检测中的灵敏度。
（5）在电化学检测中（特别是还原电化学法），溶解氧的影响更大。
2、常用脱气方法：
有吹氦脱气法、加热回留法、超声波脱气法、抽真空脱气法和在线真空脱气法等。
