高效毛细管电泳色谱仪（CE）是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用荷电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离，具有高效、分辨率高、重复性好、速度快和易于自动化等优点。质谱仪（MS）是通过对样品离子的质量和强度的测定进行定量和结构分析，具有灵敏度高和速度快等优点。CE与MS联用综合了两者的优点，是分析生物大分子的有力工具。在CE－MS联用中，毛细管区带电泳较为常用，其它如毛细管凝胶电泳、毛细管胶束电动色谱、毛细管等电聚焦电泳和毛细管等速电泳等应用较少。电子喷雾离子化（ESI）可用于检测多种高质量的带电分子，从CE分离出来的分子经过接口可直接进入MS，是MS专业的离子源。
CE－ESI－MS接口的目标是获得稳定的雾流和高效的离子化，是影响整个检测的关键因素之一。由于CE需要较高离子强度和挥发性低的缓冲液，而ESI需要较低盐浓度才能获得好的雾化和离子化。因此，接口技术必须优化，以尽可能提供好的电子接触，尽量减少对CE分离效率的影响。此外，每一种接口应选择相应的缓冲液。CE－ESI－MS接口有同轴液体鞘流接口、无鞘接口和液体连接接口三种类型。
一、同轴液体鞘流接口：
同轴液体鞘流接口是连接CE与ESI－MS较常见的接口。
1、结构：
在CE毛细管末端外套一个同心不锈钢毛细管套，内充鞘液。在此不锈钢套外再套一个同心不锈钢套，内通鞘气。鞘液和CE缓冲液在毛细管的高端混合，同时被鞘气雾化。鞘液流量通常为每分钟数纳升至数微升，显著高于CE的流速。由于鞘液的稀释作用，使雾流稳定性得到改善。理想的鞘液缓冲液的盐浓度应在高分离（高盐浓度）和高雾化（低盐浓度）之间进行优化。由于鞘液在雾化过程中完整蒸发，鞘液的稀释作用并不显著降低检测灵敏度，但混合液体的体积应尽可能小，以避免谱带展宽。
2、特点：
由于鞘液对CE流出物的稀释作用而降低检测灵敏度，鞘液的成分和浓度对CE分离均有影响。
二、无鞘接口：
1、结构：
将CE毛细管末端做成尖细状，以获得稳定的电子雾化。
在CE毛细管末端外套一个同心毛细管套，内通鞘气。此接口的难点是不易同时保持CE和ESI的电路循环，为此，在毛细管末端粘上金丝或镀一层金，但金的粘着力差，易被机械的和电子的原因除去。
2、特点：
接口性能差且寿命短。
三、液体连接接口：
1、结构：
将CE毛细管末端与一个直径为10～20μm的槽垂直相连，槽内充有CE缓冲液。与毛细管末端相对的槽的另一端接上ESI。
2、特点：
可通过任意调节槽内液体流速以改善ESI效果，而这通常是以谱带展宽和分离效能降低为代价取得的。
此接口技术难度较大，现仅用于芯片CE与MS联用中。
CE－MS联用大大拓宽了CE和MS的应用领域，但CE固有的缺陷并未克服。在DNA分离时，极高的电场强度容易使较长的DNA发生伸展改变呈棒状，而降低分离效果。现有的接口类型都有不同程度的缺陷，随着接口技术的不断改进、芯片CE与MS联用技术的完善和新浓缩技术（如分子印迹）的应用，CE－MS在蛋白质组学、化学药物研究和临床实验诊断等领域已显示了广阔的前景，正成为分析工作者的重要工具之一。
