反相离子对色谱仪分析中，离子对试剂种类决定于被测样品的性质，通常选用与被测样品电荷相反的离子对试剂。对于同一类离子对试剂，其碳链长度不同，疏水性不同。离子对试剂的碳链越长，所形成的离子对越易在固定相上保留。反之，碳链越短，离子对的保留值越小。
一、离子对试剂种类：
1、离子对试剂：烷基磺酸盐，如庚烷磺酸盐和樟脑磺酸盐等。
主要应用对象：强碱、弱碱、儿茶酚铵和肽类。
2、离子对试剂：烷基磺酸盐，如辛基和十二烷基磺酸盐等。
主要应用对象：强碱、弱碱、儿茶酚铵和肽类。
3、离子对试剂：季铵盐，如四丁溴化铵和十六烷基三甲铵等。
主要应用对象：强酸、弱碱及其盐类。
4、离子对试剂：叔胺，如三辛铵。
主要应用对象：磺酸盐和羧酸。
5、离子对试剂：高氯酸。
主要应用对象：胺。
二、不同种类的离子对试剂所形成的离子对在固定相上的保留不同。
1、同一类离子对试剂中，亲水性基团（如－OH、－COOH和－NH2）数目越多，形成的离子对的保留值越小；疏水性基团（如芳基）数目越多，形成的离子对的保留值越大。
2、烷基胺（铵）类离子对试剂所形成的离子对的保留顺序大致为季铵离子＜伯胺离子＜仲胺离子＜叔胺离子。
3、不同无机阴离子的同一类离子对试剂所形成的离子对的保留顺序为Clˉ＜Brˉ＜Iˉ＜ClO4ˉ。
三、离子对试剂浓度：
当流动相中离子对试剂浓度增加，被固定相吸附的离子对试剂浓度增加，直至固定相上的离子对试剂饱和。由于样品保留主要取决于吸附在固定相上的反离子浓度，因此，随着流动相中离子对试剂的逐步增加，样品保留也逐步增加到极大值，若继续增加离子对试剂浓度，样品保留不但不增加，反而会减少。这是因为离子对试剂的反离子，如四丁基氯化铵（TBA+Clˉ）中Clˉ与样品离子（COOˉ）竞争保留在（TBA+）上。故一般流动相中的离子对试剂浓度为3～10mol/L。
