高效毛细管电泳色谱仪简称毛细管电泳仪（CE），是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用带电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离，是分析科学继高效液相色谱仪之后的又一重大进展。CE是当今分析化学和生物医药学公认的前沿，也必将被临床医学实验室所接受，不仅能用于常规项目的分析，还可用于特殊项目的检验。
一、血清蛋白质分析：
CE可分离血清蛋白，能有效计算各蛋白质的相对浓度，避免了凝胶电泳的染色和脱色过程中多种影响因素造成的误差，结果重复性好，可信度高，便于贮存和检索。
二、血红蛋白成分分析：
用毛细管等电聚焦电泳和毛细管区带电泳可分离十几种Hb变异链。
三、脂蛋白分析：
CE可将血浆脂蛋白分离为14个亚组分。若在缓冲液中加入表面活性剂，可在短时间内对高密度脂蛋白和低密度脂蛋白两个主要组分进行定量，可将低密度脂蛋白进一步分离为低密度脂蛋白、中密度脂蛋白和极低密度脂蛋白三个亚组分，并对各组分的比例进行推算，从而对脂蛋白异常提供不同脂肪代谢的信息。
四、糖化血红蛋白分析：
CE可分离几种糖蛋白的糖基构型，鉴别糖化血红蛋白A1、Alc和其它异构体，对糖尿病的监控具有重要意义。
五、免疫复合物分析：
CE可将免疫复合物从结合的抗原抗体中迅速分离出来。
六、DNA片段和染色体分析：
CE分离DNA分子需将多聚物交联剂（如聚丙酰稀胺、聚乙二醇和甲基纤维素等）添加到缓冲液中作为分子筛，可对窄范围DNA进行高效分离。目前CE分离DNA片段尚有许多技术需要完善，其中较为突出的问题是选择合适的交联剂，提高现有方法的分辨率。
七、在治疗药物监测中的应用：
CE可简便快速分析生物样品中各种形式的药物成分，在药理学研究和法医学检查等方面也有广泛应用。
