高效毛细管电色谱仪（CEC）填充毛细管柱是将固定相填充到毛细管中，通过两端烧结柱塞将固定相保持在毛细管中而成。其较大优点是可利用众多的HPLC固定相，根据化合物与固定相的作用不同实现高效分离，在CEC中应用较广泛。
一、固定相：
固定相是影响填充毛细管柱分离选择性、柱效和分离速度的重要因素，是发展新型CEC分离模式的基础。
HPLC的各种固定相已被应用于CEC中，其中十八烷基硅烷键合硅胶固定相（ODS）较多。由于CEC是以电渗流驱动流动相，不存在柱压降问题，可采用粒径很小的固定相，以提高柱效。实验表明，只要固定相颗粒粒径≥0.5μm，电渗流速度与固定相颗粒大小和填充均匀程度无关，所以分离效率高，重复性好。
混合官能团固定相是专门针对CEC研制的新型固定相，是在硅胶表面同时键合具有反相色谱性能的烷基官能团和具有离子交换性质的磺酸官能团，在很宽的pH范围内都能保持良好的电渗流。
二、制备方法：
1、柱塞：
柱塞制备对填充毛细管柱非常关键。
（1）柱塞必须满足的要求：
1）有足够的机械强度，能承受填充时的高压。
2）化学惰性，耐有机溶剂和宽pH值的缓冲液。
3）有合适的孔隙度，既不使流动相受阻，又可防止固定相颗粒通过。
4）死体积小，避免峰展宽。
（2）柱塞制备方法：
柱塞制作方法很多，目前应用较多的是水玻璃烧制法和填料直接烧制法。
2、填充毛细管柱：
填充毛细管柱的填充方法有高压匀浆填充法、电动填充法和超临界CO2法等。
（1）高压匀浆填充法：
高压匀浆填充法是填充毛细管柱较常用的制备方法。
填充过程一般包括烧结进样端柱塞、高压填充、烧结出口端柱塞、除去不需要的固定相和检测窗口制作等步骤。
高压匀浆填充法简单，快速，但操作技术要求较高。由于在分离样品时施加电场，会使表面带电荷的固定相沿某一方向电泳，容易造成柱局部过于紧密产生较大的压力，而局部由于固定相迁移形成较大的空隙。
（2）电动填充法：
电动填充是利用电泳原理，使固定相在一定pH下带电荷，在电场中定向移动而把固定相填充到毛细管中。与高压匀浆填充法相比，电动填充法可有选择地把荷质比相同的固定相填入毛细管中，柱床均匀。
（3）超临界CO2法：
超临界CO2法是在毛细管柱一端制作临时柱塞后，另一端与贮液罐相连，将预填充的填料放入贮液罐中，然后利用超临界CO2将填料填入毛细管中，再缓慢释放压力至常压而得到干的色谱柱。柱使用前用流动相润洗，平衡。
三、特点：
1、优点：
（1）柱效高。
（2）固定相资源丰富。
2、缺点：
（1）存在柱塞制备和柱填充，步骤繁琐。
（2）重现性差。
四、气泡问题：
填充毛细管柱CEC操作的困难是分离过程中常伴有气泡产生。气泡一般产生在柱塞与固定相交界处和柱塞与检测窗交界处。为了控制气泡产生，目前主要采取以下措施：
1、在柱两端同时施加低压，可较好的解决气泡问题。
2、制备渗透性好的柱塞。
3、在分流阀处接一阻尼管，当电极处有气泡产生时，气泡会经分流阀通过阻尼管排出。
4、利用超声波使流动相和样品充分脱气。
