分析纯和优级纯溶剂在很多情况下可以满足高效液相色谱仪分析的要求，但不同的色谱柱和检测方法对溶剂的要求不同。目前专供高效液相色谱分析用的色谱纯溶剂除较常用的甲醇外，其余多为分析纯，有时要进行除去紫外杂质、脱水和蒸馏等纯化操作。
一、乙腈是常用的溶剂，分析纯乙腈中含有少量的丙酮、丙烯腈、丙烯醇和噁唑等化合物，会产生较大的背景吸收，可以采用活性炭或酸性氧化铝吸附进行纯化，也可以采用高锰酸钾、氢氧化钠氧化裂解与甲醇共沸的方法进行纯化。
二、四氢呋喃中的抗氧化剂BHT（3，5－二特丁基－4-－羟基甲苯）可以通过蒸馏除去。四氢呋喃长时间放置又会被氧化，较好使用前先检查有无过氧化物。方法是取10mL四氢呋喃和1mL新配制的10%碘化钾溶液混合1min后，不出现黄色即可使用。
三、与水不混溶的溶剂（如氯仿）中的微量极性杂质（如乙醇），卤代烃（如CH2Cl2）中的HCl杂质，可以用水萃取除去，然后用无水硫酸钙干燥。
四、正相色谱中使用的亲油性有机溶剂通常都有含有50～2000ug/mL的水。水是极性较强的溶剂，特别是对吸咐色谱，即使很微量的水也会因其强烈的吸咐而占领固定相中很多吸附活性点，致使固定相性能下降，通常可以用分子筛床干燥除去微量水。
五、卤代溶剂（如氯仿）与醚类溶剂（如四氢呋喃）混合后发生化学反应，生成的产物对不锈钢有腐蚀作用。有的卤代溶（如二氯甲烷）与一些反应活性较强的溶剂（如乙睛）混合放置后会析出结晶。因此，应尽可能避免使用卤代溶剂或现配现用。
