由于化学键合相色谱仪的键合固定相非常稳定，在使用中不易流失。由于键合到载体表面的官能团可以是各种极性的，适用于各种样品的分离分析。目前化学键合相色谱仪已获得了日益广泛的应用，在高效液相色谱中占有极其重要的地位。
一、正相键合相色谱的用途：
正相键合相色谱多用于分离各类极性化合物，如染料、炸药、甾体激素、多巴胺、氨基酸和药物等。
二、反相键合相色谱的用途：
反相键合相色谱由于操作简单，稳定性好，重复性好，已成为一种通用型液相色谱分析方法。极性与非极性、水溶性与油溶性、离子性与非离子性、小分子与大分子、具有官能团差别或分子量差别的同系物，均可采用反相液相色谱实现分离。据统计，在高效液相色谱中，约70%～80%的分析任务是由反相键合相色谱完成的。
1、在生命科学和生物工程研究中的应用：
在生命科学和生物工程研究中，经常涉及到对氨基酸、多肽、蛋白质及核碱、核苷、核苷酸、核酸等生物分子的分离分析，反相键合相色谱是这类样品的主要分析手段。
2、在医药研究中的应用：
人工合成药物的纯化和成分的定性、定量，中草药有效成分的分离、制备和纯度测定，临床医药研究中人体血液和体液中药物浓度、药物代谢物的测定，新型高效手性药物中手性对映体含量的测定等，都可以用反相键合相色谱进行分析。
3、在食品分析中的应用：
在食品分析中的应用主要包括三个方面：
（1）食品本身组成，尤其是营养成份的分析，如维生素、脂肪酸、香料、有机酸和矿物质等。
（2）人工加入的食品添加剂的分析，如甜味剂、防腐剂、人工合成色素和抗氧化剂等。
（3）在食品加工、保存和储运过程中由周围环境引起的污染物的分析，如农药残留、霉菌毒素和病原微生物等。
4、在环境污染分析中的应用：
反相键合相色谱可适用于对环境中存在的高沸点有机污染物的分析，如大气、水、土壤和食品中存在的多环芳烃、多氯联苯、有机氯农药、有机磷农药、氨基甲酸酯农药、含氮除草剂、苯氧基酸除草剂、酚类、胺类、黄曲霉素、亚硝胺等。
