制备型液相色谱仪的分离目的是从混合物中得到纯物质。为了缩短分离时间和提高分离效率，制备型液相色谱的的进样品量很大，导致色谱柱的分离负荷相应加大，因此必须加大色谱柱填料，增大柱内径和柱长，使用的流动相相对增多。然而，当色谱柱上的样品负载加大时，往往会导致柱效急剧下降而得不到纯产品。制备型液相色谱要解决容量与柱效之间的矛盾，对重现性也要考虑。从经济上来说，要少用填料，少用溶剂，尽可能多的得到产品。
一、样品的前处理：
制备型液相色谱柱分离的样品多，比分析型液相色谱柱更容易受污染，样品前处理非常必要。
二、三氟乙酸（TFA）在缓冲液中的作用：
1、TFA起到类似离子对的作用，一般浓度在0.05%～0.1%。浓度过高会使溶液偏酸，长时间使用可能影响色谱柱寿命。
2、TFA可抑制硅胶表面的硅醇基，改善碱性化合物的峰形。若0.1%TFA分离不好，可加大浓度到0.2%，但用完后要及时冲洗色谱柱。
3、走梯度时走成基线漂移，但对制备影响不大。
三、降低柱压的方法：
采用1%乙酸水溶液和甲醇二元梯度。
四、提高检测下限的方法：
1、如果是等度洗脱，一定要改成单元等度。
2、尽量采用乙腈－水系统洗脱。乙腈紫外吸收小，相同条件下噪音小。
五、用水要求：
不含金属离子和细菌。
六、分析方法开发中流动相的调整原则：
1、由强到弱：
一般先用90%的乙腈或甲醇－水或缓冲溶液进行试验，可很快得到分离结果，然后根据出峰情况调整有机溶剂（乙腈或甲醇）的比例。
2、三倍规则：
每减少10%的有机溶剂（乙腈或甲醇）的量，保留因子增加约3倍，此为三倍规则。调整时注意观察各个峰的分离情况。
3、粗调转微调：
当分离达到一定程度时，应将有机溶剂（乙腈或甲醇）10%的改变量调整为5%，并据此规则逐渐降低调整率，直至各组分的分离情况不再改变。
