高效毛细管电泳仪（HPCE）是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用荷电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离，是分析科学继高效液相色谱仪（HPLC）之后的又一重大进展，使分析科学从微升级进入到了纳升级水平，不仅使单细胞乃至单分子分析成为可能，也使蛋白质和核酸等生物大分子分析有了新的转机。HPCE与HPLC比较如下：
一、相同点：
1、检测器：
HPCE和HPLC均可采用紫外检测器、荧光检测器和电化学检测器等。但由于HPCE采用在柱检测，光路短，灵敏度和线性范围都不如HPLC。
2、定性和定量方法：
HPCE的定性和定量方法与HPLC相同，采用出峰时间定性，峰面积或峰高定量。
3、柱效和分辨率：
HPCE的柱效和分辨率计算方法与HPLC相同。
二、不同点：
1、分离原理：
（1）HPCE：基于组分在载体电解质中迁移速度的不同。
（2）HPLC：基于组分在固定相和流动相之间分配系数的不同。
2、分离模式：
（1）HPCE：毛细管区带电泳、毛细管胶束电动色谱、毛细管凝胶电泳、毛细管等电聚焦电泳和毛细管等速电泳等。
（2）HPLC：正相色谱、反相色谱、离子交换色谱和凝胶色谱等。
3、分离柱：
（1）HPCE：小内径毛细管柱内装不同载体电解质。
（2）HPLC：小内径毛细管柱内装不同固定相。
4、进样方式：
（1）HPCE：电动进样、压力进样和扩散进样。
（2）HPLC：微量注射器进样、六通阀进样和自动进样器进样。
5、进样体积：
（1）HPCE：纳升级。
（2）HPLC：微升级。
6、溶质驱动方式：
（1）HPCE：以高压直流电场为驱动力。
（2）HPLC：以高压输液泵驱动流动相。
7、采用毛细管的目的：
（1）HPCE：有效散热，使径向温度梯度更小。
（2）HPLC：消除涡流扩散，缩短组分在流动相中的传质过程。
8、柱效：
（1）HPCE：72万TP/m，大分子更大，尤其生物大分子可达3000万TP/m，能检测到单细胞和单分子水平。
（2）HPLC：一般为25TP/m，大分子更小。
9、柱价：
（1）HPCE：柱价低，
（2）HPLC：柱价高，且易沾污，易失效。
10、分离液：
（1）HPCE：在水溶液介质中进行，不污染环境。
（2）HPLC：常在含有机溶剂（如甲醇等）介质中进行，易造成环境污染。
