影响离子交换键合相色谱仪溶质保留值的因素有流动相的pH值、离子强度和有机改性剂等。
一、流动相的pH值：
1、弱酸和弱碱的保留值与洗脱液的pH值有关。
解离并参加离子交换而被分离。
不解离，不参加离子交换，以分子形式几乎无保留地通过色谱柱。
流动相的pH值选择应适中，较好选择在被分离的酸或碱的pka或pkb附近，使其解离适中，达到优质分离。
采用不同pH值的缓冲液进行梯度洗脱，可提高分离度。例如阴离子交换，pH值降低，酸性弱的组分先洗脱出，酸性强的组分后洗脱出。
2、阴离子交换剂分离有机酸的保留规律：
在用强阴离子交换键合相分离酸性药物时，pH值增大，药物解离度增大，k值增大，保留时间增加。
pH值越小，酸的解离被抑制，保留越小。
pH值越大，酸的解离程度越大，保留越强。
3、阳离子交换剂分离有机碱的保留规律：
在用强阳离子交换键合相分离碱性药物时，pH值增大，游离碱增加，k值减小，保留时间缩短。
pH值高，碱以分子形式存在，保留值很小。
pH值低，碱以质子化形式存在，保留值较大。
二、流动相的离子强度：
流动相的离子强度（缓冲盐浓度）增加，k减小。原因是离子交换平衡的移动。
三、有机改性剂：
如果洗脱液中加入极性有机组分（如乙醇），则抑制离子交换，产生按分配机理进行的分离。
