高效毛细管电泳仪（HPCE）是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用荷电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离，是分析科学继高效液相色谱仪之后的又一重大进展，使分析科学从微升级进入到了纳升级水平，不仅使单细胞乃至单分子分析成为可能，也使蛋白质和核酸等生物大分子分析有了新的转机。
一、柱效高：
理论塔板数高，柱长，且进样端和检测端都无死体积，故柱效高。
二、灵敏度高：
样品经毛细管电泳分离后，用激光诱导荧光检测器和安培型电化学检测器均可检测至10ˉ19 mol/L，甚至可达10ˉ21mol/L，即可检测到几个至几十个分子及单细胞，故HPCE－LIFD被称为分子光谱的指纹识别法。
三、速度高：
由于小内径（25～75μm）毛细管具有高电阻，能使用高电场（100～500V/cm），使分离效率提高，分离时间缩短。通常只需几十秒至几十分钟内可完成分离。芯片HPCE则更快，能以秒计算。
四、电泳性质高度特异：
由于毛细管电泳性质的高度特异性，使混合物可进行电泳分析，甚至结晶纯化的样品也可在电泳分析中分出两个或更多的电泳区带。
五、电泳方法温和：
由于毛细管电泳方法的温和性，对不稳定的生物大分子的分离纯化有时比如沉淀、离心和色谱等其它方法更可靠、更方便。
六、进样量少：
毛细管容积小，如一根75μm×100cm毛细管的容积仅为4.4μL，50μm×50cm毛细管的容积不足1μL。
进样量可少到1μL，消耗体积在1～50nL。
七、运行成本少：
只需少量的流动相和低廉的毛细管。
八、易实现高自动化：
HPCE是目前自动化程度较高的分离分析方法之一。
九、应用范围广：
几乎可分离除挥发性和难溶之外的各种物质。
