反相键合相色谱仪分离的疏溶剂理论认为非极性烷基键合相是在硅胶表面蒙覆了一层以Si－C键化学键合的十八烷基（或其它烃基）的分子毛。溶质分子（分析物）有非极性部分和极性官能团部分组成。当溶质分子的非极性部分与极性溶剂接触时，相互间产生斥力，此现象称为疏溶剂。当溶质分子的极性部分与极性溶剂接触时，相互间具有亲和力。当键合相表面的烷基（分子毛）与极性溶剂接触时，相互间产生斥力。而当溶质分子的非极性部分与键合相表面的烷基（分子毛）接触时，则相互间产生缔合作用。这种缔合作用是可逆的，缔合作用的强弱决定溶质分子色谱保留的强弱。
影响溶质保留值的因素：
1、溶质分子结构：
在一定的洗脱液和温度下，溶质分子的logk与溶质分子中的非极性部分的总表面成正比。
溶质分子中非极性部分相同，增加极性基团，因为增加了溶质分子与洗脱液的极性分子间的作用力而使k减小。
2、烷基键合相特性：
烷基数量越多，溶质保留越强。
烷基碳链越长，溶质保留越强。
随着烷基碳链的增长，增加了键合相的非极性作用的表面积，其影响溶质的保留值和色谱柱的选择性（即随烷基碳链的增长，其对溶质分离的选择性增大）。
3、流动相性质：
流动相的表面张力越大，解缔合时释放的能量越多，k越大。
流动相极性越大，表面张力越小，k越小。
4、温度：
温度升高，保留值降低，柱效提高。
