高效毛细管电泳仪检测器有紫外检测器、荧光检测器、电化学检测器、质谱检测器和拉曼光谱检测器等。其中前两种使用较广。
一、紫外检测器：
1、原理：
入射紫外光通过样品时，被吸收的多少符合朗伯－比耳定律。
检测点在毛细管的末端，检测点的毛细管的外涂层要烧掉。
2、检测方法：
（1）固定波长：
光源为低紫外氘灯，用滤光片获得固定波长的光。
（2）可变波长：
光源为氘灯或钨灯，用单色器（棱镜或光栅）获得连续可调波长的光。
（3）快速扫描：
1）利用线性二极管阵列快速捕获紫外光。
2）利用硅光电倍增管作快速扫描。
二、荧光检测器：
1、原理：
多原子分子吸收光子时，电子从基态跃迁到高能态，然后分子通过无辐射过程弛豫到较低激发态，并在回到基态时发射出光子（荧光）。
2、光源：
激发用的辐射光为紫外光或激光。
激光单色性好，容易校准和减小光散射，可大大提高检测灵敏度。常用波长325nm的氦－镉激光光源（He－Cd）。
3、检测方法：
检测在毛细管上进行，毛细管的外涂层要烧掉。
4、应用：
在DNA序列测定的HPCE中广泛使用。但对不能发射天然荧光的化合物，须预先加荧光剂。
三、电化学检测器：
电化学检测器可避免光学类检测器遇到的光程太短的问题，是HPCE中较灵敏的检测器之一。
检测毛细管中的电泳流出物，根据检测原理可分为伏安检测器和电导检测器等。
四、质谱检测器：
1、原理：
将待测物分子转为带电粒子，然后用恒定磁场使带电粒子按质量大小顺序分离，形成质量谱图。
2、特点：
（1）对单一组分有很强的鉴别能力。
（2）对复杂大分子混合物的分离能力极强。
3、类型：
类型很多，其中电喷射离子质谱对蛋白质的鉴别特别有用。
五、拉曼光谱检测器：
1、原理：
单色光照射被分析物，通过拉曼技术控制散射光，使其在返回原来位置时作多方位的重新发射。入射光和散射光之间的频差一般落在中红外区。
2、光源：
光源为40mW的He－Cd激光发生器，在422nm处发射激光，在471.2nm处检测散射光。
六、间接检测：
间接检测有间接紫外检测、间接荧光检测和间接电导检测等。
间接紫外检测是在缓冲液中加少量在紫外区有吸收的化合物（间接试剂），使之产生很高的本底。当无紫外吸收的离子通过窗口时，从而产生一个负峰。间接紫外检测灵敏度比直接检测低1～2个数量级。
