高效毛细管电泳仪是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用荷电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离，影响电泳迁移率的因素有内在因素和外界因素。
一、影响电泳迁移率的内在因素：
1、溶质所带净电荷的量：
溶质所带净电荷的量越大，迁移率越大。
2、溶质大小和形状：
对于球形离子：μep = vep/E = q/（6πηr）
对于棒状离子：μep = vep/E = q/（4πηr）
二、影响电泳迁移率的外界因素：
1、电场强度：
电渗速度和电场强度成正比。
2、毛细管材质：
酸度影响毛细管表面Si－OH基的电离。特别是在pH = 4～7范围内，影响更显著，此时溶液pH值与电渗速度成近线性关系。
3、载体粘性：
阻碍泳动并有吸附作用。
4、溶液pH值：
溶液pH值决定带电颗粒的解离程度，也决定颗粒所带净电荷的多少。
5、缓冲液离子强度：
缓冲液中的离子增加会使迁移率降低，原因是带电离子会吸引相反符号的离子聚集在其周围，形成一个与该离子符号相反的离子氛，使该离子向相反的方向运动，从而降低该离子的迁移率。
缓冲液离子强度，影响双电层的厚度、溶液粘度和工作电流，明显影响电渗速度大小。
6、添加剂：
（1）加入浓度较大的中性盐如K2SO4，溶液离子强度增大，电渗速度减小。
（2）加入表面活性剂，可改变电渗速度的大小和方向。
（3）加入有机溶剂如甲醇和乙腈，使溶液粘度减小，电渗速度增大。
7、温度：
毛细管内温度升高，使溶液粘度下降，电渗速度增大。
