高效毛细管凝胶电泳仪（CGE）是20世纪80年代后期发展起来的毛细管电泳分离模式。它是将凝胶电泳仪对生物大分子的高效分离能力与毛细管电泳仪的快速、微量和定量分析相结合，是当今分离度极高的一种分离技术。
一、工作原理：
将聚丙烯酰胺等在毛细管中交联生成凝胶，以凝胶作为载体进行电泳，凝胶具有多孔性，类似分子筛的作用，样品分子按大小分离。
二、凝胶类型：
1、无机凝胶：
（1）多孔硅胶。
（2）多孔玻璃。
2、有机凝胶：
（1）聚丙烯酰胺。
（2）琼脂糖。
三、凝胶柱制备：
CGE的关键是凝胶柱的制备，常用聚丙烯酰胺凝胶进行DNA片段分析和测序。测定蛋白质和肽的分子量常用十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺电泳（SDS－PAGE）。
将单体丙烯酰胺溶液中的交联剂N，N′－甲叉双丙烯酰胺（Bis）的浓度降为零，得到低粘度的线性非交联的亲水性聚合物用作操作溶液，来代替高粘度交联聚丙烯酰胺，仍有按分子大小分离的作用。无胶筛分柱易制备，使用方便，但分离能力比凝胶柱差。
四、特点：
1、抗对流性好，散热性好，分离度极高。
2、能有效减小组分扩散，峰形尖锐。
五、应用：
蛋白质和DNA等的荷质比与分子大小无关，CZE分离模式很难分离，采用CGE能获得良好分离。
