影响高效毛细管电泳仪分离效果的因素有电场强度、缓冲液pH、离子强度、温度和添加剂等。
一、电场强度：
1、结果：
电渗速度与电场强度成正比。
2、说明：
（1）电场强度降低，分离效率和分辨率降低。
（2）电场强度增大，焦耳热增大。
二、缓冲液pH：
1、结果：
pH增大，电渗速度增大。
2、说明：
（1）改变电渗速度较方便有用的方法。
（2）可能会引起组分电荷和结构改变。
三、离子强度（缓冲液浓度）：
1、结果：
离子强度增大，Zeta电位降低，电渗速度降低。
2、说明：
（1）离子强度增大，电流和焦耳热增大。
（2）离子强度低，可能存在样品吸附问题。
（3）导电性与样品不同，可能引起峰形畸变。
（4）离子强度低，样品装载量小。
四、温度：
1、结果：
温度每改变1℃，溶液粘度变化约2%～3%。
2、说明：
温度由仪器自动控制，常用方法。
五、添加剂：
1、结果：
（1）加入浓度较大的中性盐如K2SO4，离子强度增大，电渗速度降低。
（2）加入表面活性剂，可改变电渗速度的大小和方向。某些阳离子表面活性剂使电渗速度降低，某些阴离子表面活性剂如十二烷基硫酸钠（SDS），可使壁表面负电荷增加，电渗速度增大。
（3）加入有机溶剂如甲醇和乙腈，使溶液粘度减小，电渗速度增大。
2、说明：
变化复杂，其影响应通过实验测定，可能改变选择性。
