高效毛细管电泳仪简称毛细管电泳仪（CE），是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用荷电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离，是分析科学继高效液相色谱仪之后的又一重大进展，使分析科学从微升级进入到纳升级，应用十分广泛。
一、DNA分析：
DNA分析包括碱基、核苷、核苷酸、寡核苷酸、引物、探针、单链DNA、双链DNA（DNA片段和PCR产物）和DNA序列分析。CZE和MECC通常用于碱基、核苷酸和简单的核苷酸等分析，CGE用于较大的寡核苷酸、ssDNA、dsDNA和DNA序列分析。
二、蛋白质和肽分析：
CE在蛋白质和肽的应用可概括为两方面：一是结构表征，二是研究相互作用。CE已广泛用作较有效的纯度检测手段，可检测出多肽链上单个氨基酸的差异。CIEF测定等电点，分辨度可达0.01pH单位。用CE－MS联用进行肽谱分析，可推断蛋白质的分子结构。用CE进行蛋白质本身反应及和小分子相互作用研究是研究热点，蛋白质和DNA分析始终是CE研究的重点，今后会有更多的研究。
三、手性化合物分析：
手性对映体分析和鉴定有巨大的应用价值，已成为医药领域的一个重要课题。除CIEF外，其余五种模式均可用于手性分析。CE进行手性分析，通常在缓冲液中加入手性选择剂，操作和分离效率均优于HPLC手性分析。今后CE手性分析将会在发展更多的手性选择剂、更深入地探讨分离机理、手性药物在体内的作用及代谢等方面开展研究。
四、药物分析和临床检测：
目前，CE在药物和临床研究领域已成为不可缺少的有力手段，但在医药领域尚未确定为法定方法，故未得到广泛使用。医药领域内大量研究工作表明，CE正在走向成熟。CE－MS联用也将促进CE快速发展。CE在临床化学中除进行临床分子生物学检测外，也广泛用于疾病临床诊断、临床蛋白质分析、临床药物检测和药物代谢研究。药物代谢研究对CE是一个挑战，在提高灵敏度和解决蛋白质吸附等方面有待改进。
五、环境监测和离子分析：
CE在环境监测中的应用也日趋增多，目前主要集中在用各种模式包括CEC分离检测土壤等环境样品中的多环芳烃，10min内可分离16种多环芳烃。CE在环境监测中应用还需提高灵敏度、发展浓缩和富集方法。
CE比较重要的应用还有糖的分析，目前较成功的是用APTS作糖的衍生化试剂，标记后用LIFD进行单糖和多糖的测定。
六、单细胞和单分子检测：
单细胞和单分子检测是CE分析的较高境界，对生命科学和化学具有巨大的潜在意义。单细胞监测或许会对细胞水平的药理学和了解生命过程提供一种活体检测手段。
CE是正在发展的技术，有很多理论和实际问题有待解决，将在不断解决难题的过程中得到发展。
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