毛细管电色谱仪分类有多种。
1、按分离目的可分：实验室毛细管电色谱仪和工业毛细管电色谱仪。
2、按分离对象的荷电性质可分：阴离子毛细管电色谱仪、阳离子毛细管电色谱仪和中性分子毛细管电色谱仪。
3、按分离对象的离子属性可分：无机离子毛细管电色谱仪和有机离子毛细管电色谱仪。
4、按分离特征可分：高选择性毛细管电色谱仪、高灵敏度毛细管电色谱仪和高分离度毛细管电色谱仪。
5、按灵敏性可分：微量毛细管电色谱仪和痕量毛细管电色谱仪。
6、按作用可分：毛细管定量分析电色谱仪和毛细管定性分析电色谱仪。
7、按固定相和流动相的极性大小可分：正相毛细管电色谱仪和反相毛细管电色谱仪。
8、按分离规模可分：微型毛细管电色谱仪、小型毛细管电色谱仪和大型毛细管电色谱仪。
9、按洗脱方式可分：等度洗脱毛细管电色谱仪和梯度洗脱毛细管电色谱仪。
10、按功能可分：分析型毛细管电色谱仪和制备型毛细管电色谱仪。
11、按固定相物理状态可分：毛细管液液电色谱仪和毛细管液固电色谱仪。
12、按产地可分：国产毛细管电色谱仪和进口毛细管电色谱仪。
13、按进样自动性可分：自动进样毛细管电色谱仪和手动进样毛细管电色谱仪。
14、按应用范围可分：推荐型毛细管电色谱仪和通用型毛细管电色谱仪。
15、按分离化合物的分子量可分：小分子毛细管电色谱仪和大分子毛细管电色谱仪。
16、按分离对象的属性可分：有机物毛细管电色谱仪和无机物毛细管电色谱仪。
17、按分离原理可分：毛细管分配电色谱仪、毛细管吸附电色谱仪、毛细管离子交换电色谱仪和毛细管凝胶电色谱仪等。
18、按用途可分：生物毛细管电色谱仪、制药毛细管电色谱仪、化工毛细管电色谱仪、食品毛细管电色谱仪、蛋白质毛细管电色谱仪、多肽毛细管电色谱仪、氨基酸毛细管电色谱仪、核酸毛细管电色谱仪、酶毛细管电色谱仪、DNA测序毛细管电色谱仪、基因毛细管电色谱仪、细胞毛细管电色谱仪、生物活性分子毛细管电色谱仪、糖类毛细管电色谱仪、抗生素毛细管电色谱仪、维生素毛细管电色谱仪、两性离子毛细管电色谱仪、医用毛细管电色谱仪、血液毛细管电色谱仪、血清毛细管电色谱仪、血浆毛细管电色谱仪、免疫毛细管电色谱仪、手性对映体毛细管电色谱仪、农药毛细管电色谱仪、兽药毛细管电色谱仪、土壤毛细管电色谱仪和水质毛细管电色谱仪等。
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