高效电泳仪分类有多种。
1、按分离目的可分：实验室电泳仪和工业电泳仪。
2、按分离装置可分：毛细管电泳仪和芯片电泳仪等。
3、按分离原理可分：高效色谱电泳仪、高效区带电泳仪、高效凝胶电泳仪和高效等电聚焦电泳仪等。
4、按分离特征可分：高效高选择性电泳仪、高效高灵敏度电泳仪和高效高分离度电泳仪等。
5、按分离对象的离子属性可分：高效无机离子电泳仪和高效有机离子电泳仪。
6、按分离对象的荷电性质可分：高效阴离子电泳仪、高效阳离子电泳仪和高效中性分子电泳仪。
7、按分离对象的属性可分：高效无机物电泳仪和高效有机物电泳仪。
8、按分离规模可分：微型高效电泳仪、小型高效电泳仪和大型高效电泳仪。
9、按功能可分：科研分析型高效电泳仪和临床分析型高效电泳仪等。
10、按作用可分：高效定量分析电泳仪和高效定性分析电泳仪。
11、按进样自动性可分：高效手动进样电泳仪和高效自动进样电泳仪。
12、按进样方式可分：高效电动进样电泳仪、高效压力进样电泳仪和高效扩散进样电泳仪。
13、按分离装置数量可分：高效一维电泳仪和高效阵列电泳仪等。
14、按产地可分：国产高效电泳仪和进口高效电泳仪。
15、按灵敏性可分：高效微量电泳仪和高效痕量电泳仪（高效单细胞电泳仪和高效单分子电泳仪等）。
16、按分离化合物的分子量可分：高效小分子化合物电泳仪和高效高分子化合物电泳仪。
17、按应用范围可分：推荐型高效电泳仪和普通型高效电泳仪。
18、按有无载体可分：高效载体电泳仪和高效无载体电泳仪。
19、按电源控制可分：高效恒压电泳仪、高效恒流电泳仪和高效恒功率电泳仪。
20、按用途可分：高效生物电泳仪、高效制药电泳仪、高效化工电泳仪、高效食品电泳仪、高效蛋白质电泳仪、高效多肽电泳仪、高效氨基酸电泳仪、高效核酸电泳仪、高效酶电泳仪、高效DNA测序电泳仪、高效基因电泳仪、高效细胞电泳仪、高效生物活性分子电泳仪、高效糖类电泳仪、高效抗生素电泳仪、高效维生素电泳仪、高效两性离子电泳仪、高效医用电泳仪、高效血液电泳仪、高效血清电泳仪、高效血浆电泳仪、高效免疫电泳仪、高效手性对映体电泳仪、高效农药电泳仪、高效兽药电泳仪、高效土壤电泳仪和高效水质电泳仪等。
