高效毛细管电泳仪分类有多种。
1、按分离目的可分：高效毛细管实验室电泳仪和高效毛细管工业电泳仪。
2、按分离原理可分：高效毛细管色谱电泳仪、高效毛细管区带电泳仪、高效毛细管凝胶电泳仪和高效毛细管等电聚焦电泳仪等。
3、按分离特征可分：高选择性高效毛细管电泳仪、高灵敏度高效毛细管电泳仪和高分离度高效毛细管电泳仪等。
4、按分离对象的离子属性可分：无机离子高效毛细管电泳仪和有机离子高效毛细管电泳仪。
5、按分离对象的荷电性质可分：阴离子高效毛细管电泳仪、阳离子高效毛细管电泳仪和中性分子高效毛细管电泳仪。
6、按分离对象的属性可分：无机物高效毛细管电泳仪和有机物高效毛细管电泳仪。
7、按分离规模可分：微型高效毛细管电泳仪、小型高效毛细管电泳仪和大型高效毛细管电泳仪。
8、按功能可分：科研分析型高效毛细管电泳仪和临床分析型高效毛细管电泳仪等。
9、按作用可分：高效毛细管定量分析电泳仪和高效毛细管定性分析电泳仪。
10、按进样自动性可分：高效毛细管手动进样电泳仪和高效毛细管自动进样电泳仪。
11、按进样方式可分：高效毛细管电动进样电泳仪、高效毛细管压力进样电泳仪和高效毛细管扩散进样电泳仪。
12、按分离装置可分：一维高效毛细管电泳仪、阵列高效毛细管电泳仪和芯片高效毛细管电泳仪等。
13、按产地可分：国产高效毛细管电泳仪和进口高效毛细管电泳仪。
14、按灵敏性可分：微量高效毛细管电泳仪和痕量高效毛细管电泳仪（单细胞高效毛细管电泳仪和单分子高效毛细管电泳仪等）。
15、按分离化合物的分子量可分：小分子化合物高效毛细管电泳仪和大分子化合物高效毛细管电泳仪。
16、按应用范围可分：高效毛细管推荐电泳仪和高效毛细管通用电泳仪。
17、按有无载体可分：高效毛细管载体电泳仪和高效毛细管无载体电泳仪。
18、按电源控制可分：高效毛细管恒压电泳仪、高效毛细管恒流电泳仪和高效毛细管恒功率电泳仪。
19、按用途可分：生物电泳仪、制药电泳仪、化工电泳仪、食品电泳仪、蛋白质电泳仪、多肽电泳仪、氨基酸电泳仪、核酸电泳仪、酶电泳仪、DNA测序电泳仪、基因电泳仪、细胞电泳仪、生物活性分子电泳仪、糖类电泳仪、抗生素电泳仪、维生素电泳仪、两性离子电泳仪、医用电泳仪、血液电泳仪、血清电泳仪、血浆电泳仪、免疫电泳仪、手性对映体电泳仪、农药电泳仪、兽药电泳仪、土壤电泳仪和水质电泳仪等。
