一般来说，凡是能在流动相中离解的组分都可以用高效离子色谱仪进行分析。
一、无机化合物分析：
1、环境水和大气中无机阴阳离子分析。
2、痕量离子分析：
（1）大体积进样。
（2）低背景电导。
（3）远离水负峰的固定相。
（4）在线浓缩。
3、复杂基体中离子分析：
（1）复杂基体的处理。
（2）大交换容量。
（3）预处理小柱。
（4）不同分离方式的柱切换。
4、金属含氧酸检测：
电镀液等。
二、有机化合物分析：
1、食品和饮料中的有机酸分析，如酸味剂和防腐剂等。
2、有机胺类化合物分析。
3、药物和农药（特别是无紫外吸收化合物）分析。
4、糖类分析。
5、氨基酸分析。
6、表面活性剂分析。
三、目前解决高效液相色谱难解决的分析问题：
1、糖类分析，比示差折光检测器的灵敏度高几个数量级。
2、氨基酸分析，首次采用非衍生化的直接检测。
3、大量无紫外吸收化合物，高效离子色谱提供了可靠的分析方法。
4、抑制器除盐使高效离子色谱与质谱更容易匹配。
四、较新发展动向：
生命科学研究中，有大量水溶性和可电离的有机化合物的分析。
1、糖类和氨基酸分析。
2、核酸分析。
3、蛋白质分析。
4、维生素分析。
5、抗生素分析。
