高效气相色谱仪的操作条件包括流速、载气种类、固定液用量、进样量、气化温度、柱温和检测器温度等。
一、流速：
根据速率方程，可计算出较优流速，此时柱效较高。实际工作中，为缩短分析时间，往往使流速稍高于较优流速。
对于填充柱，氮气的实用较优流速为10～15cm/s，氢气为15～25cm/s，氦气介于两者之间。
二、载气种类：
载气种类视检测器种类而定。
常用的有氢气（热导用）、氮气（氢火焰用）和氦气（热导和氢火焰均可用，但价格较高）。
氢气和氦气适合快速分析。氮气做载气峰形较好，柱效较高。
三、固定液用量：
载体表面积越大，固定液用量可越大，允许的进样量越多。但为了改善液相传质，应使固定液膜薄一些。
四、进样量：
进样量视柱类型、固定液含量（不能超过柱容量）、进样方式、检测器灵敏度和线性范围等而定。
液体样品进样量一般为0.1～5uL，气体样品进样量一般为0.1～10mL。
五、气化温度：
1、一般进样方式下，气化温度比柱温高30～70℃。
2、进样量大时高一些好，保证瞬间气化。
3、保证不超过样品的分解温度。
六、柱温：
柱温影响分析效能和分析速度。
每一种固定液都有它的较高使用温度，柱温不可超过这一温度，否则固定液会挥发流失。
柱温太高，组分挥发度增大，不利于分离。但柱温太低，被测组分的扩散速度下降，分配不能快速达到平衡，影响峰形，柱效下降，并使分析时间大大延长。
柱温选择的原则是在保证难分离物质有良好分离的前提下（分离度满足要求），可以采取较高柱温，以缩短分析时间，保证峰形对称。
七、检测器温度：
一般大于或等于柱温，具体与检测器种类有关。
