正常情况下，高效液相色谱仪色谱柱至少可以使用3～6个月，能完成数百次分离。但若操作不慎，将很容易损坏色谱柱而不能使用。因此为了保持柱效、柱容量和渗透性，必须对色谱柱进行仔细保养。
一、色谱柱的保护：
1、流动相和样液都需用0.45um孔径的滤膜过滤。
2、加3～5cm保护柱。
3、进样阀进样。
4、用纯甲醇保存色谱柱，防止细菌生长。
5、防止过酸或过碱。
6、防止振动和逆向流动。
7、对硅胶基键合相，水溶液流动相的PH值不得超出2～8.5的范围，使用温度不宜过高。
8、色谱柱在酸性或碱性条件下使用后，应依次用水和甲醇清洗。对暂时不用而需要较长时间保存的色谱柱，要用纯甲醇清洗。
9、色谱柱两端用金属螺帽封闭，保存在干净的有机溶剂中。
二、色谱柱的再生：
一般情况下，硅胶和ODS等化学键合固定相再生是困难的。有时采用下述方法可能提高柱效。
1、由于杂质微粒等因素，使色谱柱上端固定相变色，柱效下降。这时，可仔细地将变色部分除去约3mm左右，再补充新的固定相。
2、当色谱柱吸附未被洗脱的成分时，柱效将明显下降，可选择合适的溶剂洗净。
3、当采用梯度洗脱时，色谱柱在重复使用前，用泵把几倍于柱体积的起始溶剂压经色谱柱，以重新建立起始的平衡来得到再生。
