气相色谱仪具有高效能、高选择性、高灵敏度和分析速度快等特点，但仅适合分析蒸气压低和沸点低的样品，在有机物中仅有20%的样品适合于气相色谱仪分析。高效液相色谱仪弥补了气相色谱仪的不足，适合分析80%的有机物。高效液相色谱仪与气相色谱仪的差别如下：
一、分离机理：
1、高效液相色谱仪依据吸附、分配、筛析、离子交换与亲和等多种原理进行分离，可选用的固定相种类多。
2、气相色谱仪依据吸附和分配原理进行分离，可选用的固定相种类较多。
二、进样方式：
1、高效液相色谱仪的样品需制成溶液。
2、气相色谱仪的样品需加热气化或裂解。
三、流动相：
1、高效液相色谱仪：
（1）液体流动相可为离子型、极性、弱极性和非极性溶液，可与被分析样品发生相互作用，并能改善分离的选择性。
（2）液体流动相动力粘度大，流动相传输压力高。
2、气相色谱仪：
（1）气体流动相为惰性气体，不与被分析样品发生相互作用。
（2）气体流动相动力粘度小，流动相传输压力低。
四、色谱柱：
1、高效液相色谱仪的固定相粒度为5～10um；填充柱内径为3～6mm，柱长为10～25cm，柱效为103～104块理论塔板/m；毛细管柱内径为0.01～0.03mm，柱长为5～10m，柱效为104～105块理论塔板/m；柱温为常温。
2、气相色谱仪的固定相粒度为0.1～0.5mm；填充柱内径为1～4mm，柱长为1～4m，柱效为102～104块理论塔板/m；毛细管柱内径为0.1～0.3mm，柱长为10～100m，柱效为103～104块理论塔板/m；柱温为常温～300℃。
五、检测器：
1、高效液相色谱仪：
（1）通用型检测器：ELSD和RID。
（2）选择型检测器：UVD、PDAD、FD和ECD。
2、气相色谱仪：
（1）通用型检测器：TCD和FID。
（2）选择型检测器：ECD、FPD和NPD。
六、柱外效应：
1、高效液相色谱仪的溶质在液相中的扩散系数很小，色谱柱以外的死空间应尽量小，以减少柱外效应对分离效果的影响。
2、气相色谱仪的溶质在气相中的扩散系数大，柱外效应影响较小，应尽量减小柱外效应对分离效果的影响。
七、应用：
1、高效液相色谱仪可分析低沸点和低分子量有机物、高沸点和高分子量有机物、无机离子化合物、热不稳定化合物和生物活性物质等。
2、气相色谱仪可分析低沸点和低分子量有机物及有效气体，配合程序升温可分析高沸点有机物，配合裂解技术可分析高聚物等。
