高效液相色谱仪是在经典液相柱色谱仪的基础上，引入了气相色谱仪的理论，采用了高压输液泵、高效固定相、梯度洗脱技术和高灵敏度检测器，具有高压、高速、高效、高灵敏度、高选择性和应用范围广等特点。高效液相色谱仪与气相色谱仪的比较如下：
一、应用范围：
1、气相色谱仪：
（1）能气化、热稳定性好和沸点较低的样品。
（2）高沸点、挥发性差、热稳定性差、离子型和高聚物样品不能检测。
（3）只有15%～20%的有机物能用气相色谱仪分析。
2、高效液相色谱仪：
（1）溶解后能制成溶液的样品。
（2）分子量大、难气化、热稳定性差、高分子和离子型样品及具有生理活性物质均可检测。
（3）应用广泛，占80%～85%的有机物。
二、流动相：
1、气相色谱仪：
（1）流动相为气体。
（2）流动相无毒，易处理。
（3）流动相与组分之间无亲和作用，只与固定相互作用，不参与分配平衡过程。
2、高效液相色谱仪：
（1）流动相为液体。
（2）大多数流动相有毒。
（3）易污染环境。
（4）成本较高。
（5）流动相与组分之间有亲和作用，提高了柱选择性，改善分离度，对分离起很大作用。
（6）流动相种类较多，选择余地大。
（7）流动相极性和PH值的选择对分离起重要作用。
（8）可选用不同比例的两种或两种以上液体作为流动相，增大分离选择性。
三、固定相：
1、气相色谱仪：种类多。
2、高效液相色谱仪：不如气相色谱仪固定相种类多。
四、色谱柱：
1、气相色谱仪：用毛细管柱可得到很高的柱效。
2、高效液相色谱仪：色谱柱不能很长，柱效不是很高。
五、选择性：
1、气相色谱仪：流动相不影响分配，一般靠改变固定相和色谱柱温来改变选择性。
2、高效液相色谱仪：主要靠改变流动相来改变选择性。
六、检测器：
1、气相色谱仪：有很灵敏的选择型检测器，也有较灵敏的通用型检测器。
2、高效液相色谱仪：有较灵敏的通用型检测器。
七、操作温度：
1、气相色谱仪：加温。
2、高效液相色谱仪：室温。
八、运行和操作难度：
1、气相色谱仪：容易。
2、高效液相色谱仪：比气相色谱仪难一些。
九、仪器制造难度：
1、气相色谱仪：难度较小。
2、高效液相色谱仪：难度较大。
十、样品回收：
1、气相色谱仪：困难。
2、高效液相色谱仪：容易且可定量，适合大量制备。
十一、其它：
1、高效液相色谱仪能完成难度较高的分离。
气相色谱仪流动相载气是色谱惰性的，不参与分配平衡过程，组分与流动相之间无亲和作用，只与固定相互作用。高效液相色谱仪流动相与组分之间有亲和作用，提高了柱选择性，改善分离度，对分离起很大作用。可选用不同比例的两种或两种以上液体作为流动相，增大分离选择性。通常在室温下操作，有利于色谱分离条件的选择。
2、凡是能用气相色谱仪分析的样品一般不用高效液相色谱仪。
气相色谱仪更快，更灵敏，更方便，耗费低。
