液液分配色谱仪原本是基于样品分子在包覆于惰性载体（基质）上的固定相液体和流动相液体之间的分配平衡而实现分离，因为固定相液体容易溶解到流动相中去，所以重现性很差，不大被采用。后来发展起来的键合固定相通过化学键合将功能分子结合到惰性载体上，固定相液体不会溶解到流动相中。键合固定相是当今高效液相色谱仪较常用的固定相，大约占高效液相色谱仪固定相的四分之三。
一、极性键合固定相：
键合在载体表面的功能分子是具有二醇基、醚基、氰基和氨基等极性基团的有机分子。
二、非极性键合固定相：
键合在载体表面的功能分子是烷基和苯基等非极性有机分子。较常用的ODS柱或C18柱，它是将十八烷基三氯硅烷通过化学反应与硅胶表面的硅羟基结合，在硅胶表面形成化学键合态的十八烷基，其极性很小。
三、正相液液分配色谱：
由极性固定相和非极性（或弱极性）流动相组成的高效液相色谱体系。其代表性的固定相是改性硅胶和氰基柱等，代表性的流动相是正己烷。
四、反相液液分配色谱：
由非极性固定相和极性流动相组成的高效液相色谱体系。其代表性的固定相是十八烷基键合硅胶，代表性的流动相是甲醇和乙腈。反相液液分配色谱是当今高效液相色谱的较主要分离模式，几乎适用于所有能溶于极性或弱极性溶剂中的有机物的分离。
