高效液相色谱质谱联用仪是以质谱仪为检测手段，集高效液相色谱仪的高分离能力、质谱仪的高灵敏度和高选择性于一体的强有力分析检测工具。近年来，随着电喷雾和大气压化学电离等软电离技术的成熟，其定性定量分析结果更加可靠，已成为临床医药学研究中不可缺少的分析检测工具。
一、在体外药物代谢物筛查中的应用：
高效液相色谱质谱联用仪是药物代谢产物筛查和鉴定较合适、较有效的分析检测工具。利用高效液相色谱质谱联用仪可以从品种繁多的样品中得到丰富的信息，极大地提高了对各类药物及其代谢产物的检测和鉴定能力。目前，多数类药化合物采用电喷雾离子化质谱分析，极性小的化合物采用大气压化学离子化质谱分析。
二、在药物反应性代谢物检测中的应用：
高效液相色谱质谱联用仪在药物反应性代谢物的检测、识别和定量中起着主导作用。在早期的药物发现中, 高效液相色谱质谱联用仪用于快速筛选和结构确证反应性代谢物，以进行先导物优化和候选物遴选开发。通常，试验物质先在捕获剂存在下用肝微粒体孵育，然后用高效液相色谱质谱联用仪检测和结构确证捕获剂捕获的反应性代谢物，这些体外筛选试验结果提供了给定化学类型和引起关注的化合物的潜在代谢活化的重要信息。在药物发现后期和临床开发过程中，高效液相色谱质谱联用仪也起着重要作用。
