高效色谱仪是利用样品各组分在固定相和流动相中分配、吸附、离子交换和空间排阻等作用的差异，使各组分在作相对运动的两相中反复多次受到上述各作用而达到相互分离。

一、优点：

1、气相色谱仪：

高效、快速、灵敏和应用范围较广。

2、高效液相色谱仪：

（1）样品不受挥发度和热稳定性限制。

（2）柱温一般选用室温。

（3）特别适合高沸点、极性强和热稳定性差的化合物的分离。

二、缺点：

1、气相色谱仪：

（1）分离对象受到一定限制。据估计现在已知的化合物中，仅有20%的样品可以用气相色谱满意地分离。对于挥发性差（高沸点化合物）由于气化温度和柱温要求很高而难以分析，对于高分子化合物、热稳定性差的化合物由于在气化过程中容易分解而难以分析，对于具有生物活性的样品由于高温失活而难以分析，对于强极性化合物如有机酸、有机碱等，由于不可逆吸附而难以分析。

（2）样品难以回收。

2、高效液相色谱仪：

（1）有柱外效应。从进样器到检测器之间，除了色谱柱以外的任何死空间（进样器、柱接头、连接管和检测池等）中，如果流动相的流型有变化，被分离物质的任何扩散和滞留都会显著地导致色谱峰展宽，柱效降低。

（2）检测器的灵敏度不及气相色谱的。

高效液相色谱仪是适应科学技术发展而发展出来的，与气相色谱仪各有所长，相互补充。